La composition et la fonction bactérienne des selles, nouvel outil de dépistage
L’équipe du Professeur Sobhani, chef de service de Gastro Entérologie de l’hôpital Henri-Mondor, AP-HP, et directeur de l’équipe universitaire UPEC- EC2M3, en collaboration avec le laboratoire Allemand l’European Molecular Biology dirigé par le Professeur Bork ont démontré que l’analyse de la composition des selles ainsi que la fonction des bactéries de notre flore intestinale permettraient de dépister un cancer du colon.
L’étude a été publiée dans la revue « Molecular Systems Biology » du 28 novembre 2015.
Le cancer colorectal est responsable de plus de 17 500 décès par an et touche environ 42 000 nouvelles personnes 23 200 hommes et 18 900 femmes. Il s'agit du 3ème cancer le plus fréquent et de la 2ème cause de décès par cancer en France. A ce jour, les causes et les mécanismes d’apparition des anomalies géniques à l’origine de ce cancer sont encore mal connues. Cependant, les premiers constats révèlent que les facteurs environnementaux (alimentation, dépense énergétique, médications) jouent un rôle dans la survenue de ce type de cancer. Seul un dépistage précoce et une prévention appropriés permettent de réduire de 25% le taux de mortalité.
Cette étude comparative, qui a débuté en 2009, a été réalisée dans un premier temps sur 156 patients français, puis sur 335 patients étrangers permettant ainsi de prendre en considération la dimension culturelle du mode de vie. L’équipe du Professeur Sobhani et du Professeur Bork ont analysé les résultats des coloscopies faites à ces patients. Ceux ayant une coloscopie normale sont déclarés « non malades donc témoins» et ceux présentant une tumeur à la coloscopie sont considérés comme « malades ». L’idée était de pouvoir différencier les porteurs de cancer du colon, des non porteurs, alors qu’ils pourraient avoir les mêmes symptômes digestifs.
Les récentes études montrent que le microbiote intestinal, l’ensemble des bactéries du colon, constituent un deuxième centre de commande dans notre corps. L’étude du microbiote (100 trillions de bactéries) nécessite l’utilisation de haute technologie biologique en particulier l’analyse génique et fonctionnelle de toutes les bactéries que nous possédons (soit 150 fois dans notre génome entier) ainsi que le traitement mathématique de ces données au regard des données cliniques, endoscopiques et histologiques.
L’équipe du Professeur Sobhani, AP-HP, a ainsi démontré que parmi plusieurs milliers d’espèces différentes de bactéries dans notre intestin, il y a 22 types de bactéries qui permettent de très bien différencier les « malades » des « non malades ». La même équipe a montré par extrapolation fonctionnelle à partir des gènes bactériens, que ces fonctions exercent dans le colon des effets pro-cancéreux.
Ces bactéries sont sans doute sélectionnées par notre mode de vie par exemple alimentaire ou notre surconsommation en médicaments ou adjuvants diététiques en tous genres. Actuellement l’équipe est en mesure de simplifier considérablement le séquençage des bactéries afin de rendre cette approche peu coûteuse et accessible à un plus grand nombre de patients. Cette découverte pourrait modifier la prise en charge du cancer colorectal et ouvrir de nouvelles perspectives dans l’étude d’autres maladies (auto immune, néoplasiques). L’analyse du microbiote intestinal deviendra désormais essentielle pour mieux organiser les programmes de dépistage ou de prévention, et pour définir les choix thérapeutiques des maladies.
