Évaluation du séquençage rapide du génome en première intention pour le diagnostic
prénatal des malformations congénitales en comparaison avec l’ACPA et le
séquençage d'exome

À propos

Vous êtes enceinte ou votre conjointe est enceinte et l’échographie réalisée dans le cadre du suivi de votre grossesse a décelé des anomalies échographiques chez votre foetus. Afin d’obtenir un diagnostic précis et assurer une prise en charge adaptée, vous avez accepté de réaliser un test de Diagnostic PréNatal (DPN) dont l’examen génétique est l’Analyse Chromosomique sur Puce à ADN (ACPA) ou CGH-array. La découverte d’anomalies échographiques anténatales est fréquente puisqu’elle touche 5 à 10% des grossesses. En France, la recherche d’un diagnostic causal au cours de la grossesse a longtemps reposé sur l'imagerie (échographie) ou les investigations infectieuses, métaboliques, immunologiques ou génétiques. Cependant, l'imagerie présente certaines limites pendant la période anténatale, car la description échographique se limite aux caractéristiques morphologiques et n'évalue pas les potentiels déficits cognitifs ou sensoriels. Avec ces examens, environ 70% des foetus qui présentent une anomalie échographique restaient sans diagnostic définitif. Au cours de la dernière décennie, la génétique médicale a connu un véritable bouleversement technologique, avec le développement d’une technique appelée séquençage de l’exome (ES). A la différence des examens de génétiques jusqu’alors utilisés, cette nouvelle technique permet de lire une plus grande partie du matériel génétique et est actuellement largement déployée dans d’autres pathologies telles que les anomalies du développement. Aujourd’hui, le séquençage de l’exome est généralement proposé en supplément de l’examen génétique courant qu’est l’ACPA en cas de dépistage de deux signes d’appel échographiques (ou d’un seul signe s’il est hautement évocateur d’une cause génétique). Cependant, le délai de retour des résultats de ces examens, de 2 à 4 semaines en moyenne en France, reste long pour les couples, et impose souvent un rendu en deux temps car les résultats de l’ACPA sont en général obtenus plus rapidement. De plus, le séquençage de l’exome ne peut pas détecter certaines variations génétiques qui pourraient expliquer le diagnostic. Le séquençage du génome complet (GS) est un examen permettant de lire l’ensemble du matériel génétique avec un délai de rendu des résultats pouvant être bien plus court que le séquençage de l’exome (moins de 7 jours pour le GS contre 2 à 4 semaines pour l’ES). C’est pourquoi nous proposons dans cette étude d’évaluer le rendement diagnostique du séquençage de génome rapide dont les résultats sont rendus en moins de 7 jours comme test de première intention en cas d’anomalies échographiques.  Présentation générale : L’étude se déroulera dans plusieurs centres de génétique en France. L’analyse des données de séquençage du génome sera réalisée par l’équipe de Génétique et Anomalies du Développement (GAD) du CHU de Dijon-Bourgogne. Au total, 90 foetus et leurs deux parents seront inclus. Le temps de la recherche, et plus précisément la réalisation des différentes techniques et le suivi, est prévue pour durer environ 6 à 9 mois (des prélèvements jusqu’à deux mois après l’issue de la grossesse). Votre participation sera ponctuelle et durera le temps : - de la consultation d’information - de réaliser les prélèvements sanguins, - d’assister à la consultation de rendu des résultats, - et d’autoriser votre médecin référent à nous transmettre les informations vous concernant jusqu’à deux mois après l’issue de votre grossesse