Définition de sous-phénotypes de pneumonie sur la base de la composition du microbiome respiratoire Composition du microbiome respiratoire pour prédire les échecs des traitements microbiens et cliniques

Critères d'inclusion:

• Cohorte 1 :Pneumonie communautaire aux urgences nécessitant une hospitalisation dans les services généraux:
  • Âge ≥18 ans
  • Hospitalisation dans un service de médecine (pas d'unité de soins intensifs)
  • Présence d'au moins un signe clinique aigu compatible avec une pneumonie (par exemple dyspnée, toux, expectorations purulentes ou aspirations trachéales purulentes ou crépitants), et température supérieure à 38°C dans les 48 heures précédant l'inclusion.
  • ET nouvel infiltrat pulmonaire à la radiographie pulmonaire ou au scanner (au jour 0 ou dans les trois jours suivant l'inclusion)
  • Traitement efficace initié depuis moins de 24 heures
  • Collecte d'expectorations possible
• Cohorte 2 : Pneumonie communautaire sévère avec hospitalisation en soins intensifs 
  • Âge ≥18 ans
  • Hospitalisation en unité de soins intensifs pendant au moins 24 heures.
  • Présence d'au moins un signe clinique aigu compatible avec une pneumonie (par exemple dyspnée, toux, crachats purulents ou crépitants), température supérieure à 38°C dans les 48 heures précédant l'admission à l'hôpital.
  • ET nouvel infiltrat pulmonaire à la radiographie pulmonaire ou au scanner (au jour 0 ou dans les trois jours suivant l'inclusion)
  • Traitement efficace initié depuis moins de 24 heures
  • Prélèvement d'expectoration ou aspiration trachéale ou tout prélèvement bactérien distal (LBA, cathéter télescopique bouché) possible.
• Cohorte 3 : pneumonie associée à la ventilation mécanique  :
  • Âge ≥18 ans
  • pneumonie associée à la ventilation mécanique : ventilation mécanique, chez un patient précédemment hospitalisé depuis plus de 48 heures à l'apparition d'infiltrats radiologiques nouveaux ou s'aggravant et 2 des éléments suivants : fièvre ou hypothermie, leucocytose > 12 G/L ou leucopénie < 4G/L, aspirats trachéaux purulents,
  • pneumonie associée à la ventilation mécanique: ventilation mécanique pendant plus de 48 heures, infiltrats radiologiques nouveaux ou s'aggravant et 2 des éléments suivants : fièvre (>38°C) ou hypothermie (<36,5°C) dans les 24 heures précédant l'inclusion, leucocytose > 12 G/L ou leucopénie < 4 G/L, aspirats trachéaux purulents.
  • ET cathéter télescopique branché (CTT) ≥103 unités formatrices de colonies (UFC)/ml ou culture de lavage broncho-alvéolaire (LBA) ≥104 UFC/ml ou aspirats trachéaux purulents ≥ 106 UFC/mL.
  • ET traité par une antibiothérapie active pour une pneumonie depuis moins de 24 heures

Critères d'exclusion:

• Cohorte 1 : Pneumonie communautaire avec hospitalisation en service de médecine :
  • SIDA
  • Patient sous corticostéroïdes à haute dose > 2 mg/kg d'équivalent prednisone
  • Patients ayant subi une greffe de moelle osseuse
  • Patients cancéreux sous chimiothérapie dans les 3 mois précédant l'inclusion
  • Opposition du patient (absence de consentement éclairé écrit)
  • Transfert programmé vers un autre hôpital
  • Patient sous tutelle ou statut juridique comparable
  • NB : Les patients inclus dans la cohorte 1 et référés aux soins intensifs dans les premières 24 heures seront inclus dans la cohorte 2.
• Cohorte 2 : Pneumonie communautaire avec hospitalisation en réanimation  :
  • SIDA
  • Patient sous corticostéroïdes à haute dose (> 2 mg/kg d'équivalent prednisone)
  • Patients ayant subi une greffe de moelle osseuse
  • Patients cancéreux subissant une chimiothérapie dans les 3 mois précédant l'inclusion
  • Les séjours de moins de 24 heures dans l'unité de soins intensifs seront exclus.
  • Absence de consentement éclairé écrit du patient s'il est apte, ou absence de consentement éclairé écrit du parent/soignant (pour les patients incapables de comprendre l'information et en l'absence de parent/soignant, l'inclusion en urgence est autorisée).
  • Décision de renoncer à un traitement de maintien en vie
  • Patient sous tutelle ou statut juridique comparable
• Cohorte 3 : pneumonie associée à la ventilation mécanique  :
  • SIDA
  • Patient sous corticostéroïdes à haute dose >2 mg/kg d'équivalent prednisone
  • Patients ayant subi une greffe de moelle osseuse
  • Patients cancéreux sous chimiothérapie dans les 3 mois précédant l'inclusion
  • Absence de consentement éclairé écrit du patient s'il est apte, ou absence de consentement éclairé écrit du parent (pour les patients incapables de comprendre l'information et en l'absence de parent, l'inclusion en urgence est autorisée).
  • Décision de renoncer à un traitement de maintien en vie
  • Patient sous tutelle ou statut juridique comparable