Détection des duplications en cis du gène SMN1 par anlyse de long reads dans le but de résoudre un piège majeur du conseil génétique pour l'amyotrophie spinale infantile

À propos

Justificatif de la recherche : Le support de l’information génétique est l'ADN. Cet ADN est présent en double exemplaire dans toutes les cellules d'un individu, sous forme de paires de chromosomes, l’un venant du père et l’autre de la mère. Les gènes sont des unités de l’ADN qui correspondent à un code pour permettre la production de protéines participant au fonctionnement des cellules de l’organisme. Les mutations sont des altérations de l'ADN modifiant la protéine produite par ce gène altéré. Les délétions correspondent à un type de mutation, par perte d’une région de l’ADN. Vous avez eu une consultation de génétique il y a quelques mois ou années du fait de la détection, dans votre entourage familial, d’un diagnostic d’amyotrophie spinale infantile. L’amyotrophie spinale infantile (SMA) résulte d’une délétion dans un gène appelé SMN1 sur chacun des deux chromosomes 5. Dans les familles éprouvées par cette maladie, le conseil génétique consiste à proposer une analyse chez les apparentés de façon à repérer d’autres couples à risque d’avoir aussi un enfant atteint de SMA. Cette analyse consiste à compter les copies du gène SMN1. L’existence d’une seule copie du gène SMN1 signifie qu’il existe une délétion du gène SMN1 sur l’un des deux chromosomes 5 (1+0 = 1 copie du gène SMN1). Dans la très grande majorité des cas, l’existence de deux copies du gène SMN1 permet de rassurer les apparentés sur le fait qu’ils ne sont pas porteurs d’une délétion du gène SMN1 : chaque chromosome 5 porte un gène SMN1 (1+1 = 2 copies du gène SMN1). Cependant, dans de rares cas, au lieu d’avoir 2 copies sur chacun des deux chromosomes 5, il peut exister 2 copies du gène SMN1 sur un chromosome 5 (duplication) et une délétion du gène SMN1 sur le 2ème chromosome 5 (2+0 = 2 copies du gène SMN1). On appelle duplication en cis cette situation où les 2 copies du gène SMN1 sont sur le même chromosome. La quantification des copies du gène SMN1 montre 2 copies et ne permet pas de déceler la délétion du gène SMN1 sur le deuxième chromosome. Cette situation constitue un vrai piège pour le conseil génétique. En effet, chaque individu transmet un seul chromosome à sa descendance. Ainsi, dans ce dernier cas de figure, la personne a un risque sur deux de transmettre le chromosome 5 avec la délétion du gène SMN1 et ce, sans que l’analyse génétique ne puisse déceler ce risque. Objectif de la recherche L’objectif de cette étude est d’utiliser des nouvelles technologies de « cartographie optique Bionano » et de « séquençage long read Nanopore », basées sur l’analyse d’ultra-longues molécules d’ADN pour détecter la duplication en cis du gène SMN1. Ces nouvelles techniques permettront de visualiser directement la localisation des gènes SMN1, de déterminer s’ils sont localisés sur deux chromosomes 5 différents ou bien sur le même chromosome 5 et donc de détecter la duplication en cis du gène SMN1.Elles permettront également de visualiser directement la délétion du gène SMN1 sur un chromosome 5. Déroulement de la recherche Cette recherche se déroule dans 4 centres hospitaliers en France et concernera 27 personnes sur une période de 18 mois.