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Le dispositif des protocoles de coopération entre professionnels de santé, initié en 2009 par la loi Hôpital, patients, santé, territoire (HPST), a été rénové et simplifié par la loi d’organisation et de transformation du système de santé publiée en juillet 2019 (article 66).

Présidée par le vice-président recherche du directoire de l’AP-HP, cette instance de concertation réunissant des membres nommés par l’AP-HP, les universités et l’INSERM, permet à l’AP-HP de définir sa politique de recherche et d’associer l’ensemble des partenaires institutionnels, académiques et universitaires, dans le respect de leur spécificité, en favorisant les regards croisés et complémentaires et en évitant les doublons.

La commission médicale d'établissement est l’instance où siègent les représentants élus des médecins, pharmaciens, odontologistes et sages femmes de l’AP-HP.